Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) merupakan program studi ketiga di lingkungan Fakultas Tarbiyah dan Keguruan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau yaitu setelah Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Pendidikan Bahasa Arab (PBA). Prodi Manajemen Pendidikan Islam merupakan perubahan dari Prodi Kependidikan Islam berdiri pada tahun 1995 dan sampai sekarang Prodi Manajemen Pendidikan Islam telah berusia 15 tahun yang terdiri dari dua konsentrasi yaitu Manajemen Pendidikan Islam dan Bimbingan Konseling.
Pengukuhan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam secara resmi terhitung sejak diterbitkannya Surat Keputusan Rektor IAIN Sulthan Syarif Qasim Pekanbaru Nomor 37.a/R/1996 dan diperpanjang dengan surat Keputusan Departemen Agama Republik Indonesia Direktorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.II/Dt.II.III/HK.005/115/07. Sesuai nomenklatur baru Kependidikan Islam berubah menjadi Manajemen Pendidikan Islam sebagaimana tertuang di surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3554 Tahun 2013 tentang penyesuaian nomenklatur Program Studi Pada Program Sarjana UIN Suska Riau tertanggal 16 Desember 2013.
Kepemimpinan Prodi Manajemen Pendidikan Islam sejak didirikan hingga kini telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan.
- Dipimpin oleh Drs. Sutarmo, M.Ag dan Sekretaris M. Syaifuddin, M.Ag.
- Dipimpin oleh Drs. Azwir Salam, M.Ag. dengan sekretaris M. Syaifuddin, M.Ag.
- Dipimpin oleh Drs. Tohirin, M.Pd dengan sekretaris Drs. Zulkifli, M.Ed.
- Dipimpin oleh Drs. M. Hanafi, M.Ag dengan sekretaris Zaitun, M.Ag,
- Dipimpin oleh Amira Diniyati, M.Pd. Kons dengan Sekretaris Zaitun, M.Ag.
- Dipimpin oleh Dr. Zaitun, M. Ag. Dengan sekretaris M. Khalilullah, S. Ag. MA.
- Dipimpin M. Khalilullah, S. Ag. MA. dengan sekretaris Nunu Mahnun, S. Ag. M. Pd.
- Dipimpin oleh Dr. Asmuri, M.Ag dengan sekretaris Dr. Nasrul, M.Ag.
- Dipimpin oleh Dr. Hj. Yuliharti, M.Ag dan sekretaris Dr. H. Mudasir, M.Pd.